培訓(xùn)大綱：

一、Perl的基本語(yǔ)法
1.變量：標(biāo)量，數(shù)組（一維數(shù)組和二維數(shù)組）和哈希
2.數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)：循環(huán)，條件
3.常用函數(shù)
二、文件與目錄操作
1.文件的讀入與輸出
2.文件測(cè)試
3.目錄操作
三、正則表達(dá)式
1.匹配操作符及修飾符
2.替換操作符及修飾符
3.轉(zhuǎn)換操作符
四、子函數(shù)、包和模塊
1.子函數(shù)
2.包
3.模塊
五、Bioperl簡(jiǎn)介和常用的模塊
1.簡(jiǎn)介
2. Bio::SeqIO
3.其他模塊簡(jiǎn)介
六、在NGS中應(yīng)用范例
主要通過(guò)實(shí)例講解文件的輸入與輸出，常用生物學(xué)格式的讀取與操作；文件的過(guò)濾與合并等。具體實(shí)例如下：
1.根據(jù)ID提取FASTA序列（數(shù)據(jù)篩選）
2.根據(jù)位置提取FASTA序列（函數(shù)，包括反向互補(bǔ)等的實(shí)現(xiàn)）
3.統(tǒng)計(jì)FASTA序列GC含量（哈希解決統(tǒng)計(jì)數(shù)目類問題）
4.統(tǒng)計(jì)大于指定長(zhǎng)度的FASTA序列（數(shù)據(jù)篩選）
5.提取GFF3文件中多外顯子基因的注釋信息（二維數(shù)組與哈希）
6.FASTQ序列按照指定的Read數(shù)目進(jìn)行切割（文件分割）
7.FASTA序列切割成一條序列一個(gè)文件，并用序列ID進(jìn)行命名（文件操作）
8.提取有完整編碼框的（有起始密碼子和終止密碼子）CDS序列（正則）
9. GFF3與GTF互相轉(zhuǎn)換（格式轉(zhuǎn)換）
10.將DNA翻譯為蛋白質(zhì)序列（正則）
11.提取指定基因的GFF3注釋信息（篩選）
12.將每一個(gè)樣本的FPKM值合并到一個(gè)文件中（文件合并）
13.根據(jù)Identity和Coverage篩選BLAST結(jié)果（過(guò)濾）
14.坐標(biāo)轉(zhuǎn)換（數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換）
15.提取指定位置的基因注釋信息（提取）
七、CPAN簡(jiǎn)介
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